近年来，随着肠道微生物领域的发展，我们对肠道微生物有了更进一步的认识，逐渐发现肠道微生物对抵抗病原体、抵御感染方面发挥着重要作用。无论在人上还是动物上，营养和肠道菌群密切相关，早期肠道菌群的建立对免疫系统至关重要。

01 肠道土著居民（原籍菌群）

   肠道原籍菌群是在长期历史进化过程中形成的，与宿主的共生关系极为密切，对宿主是有益的，因而也称为固有菌群，原籍菌群都具有定殖能力，具有在宿主生长、繁殖和繁衍后代的能力。动物出生后几个小时至几天，就会出现各部位的特异微生物定殖，哪个部位定殖哪种微生物都是一定的，是由遗传制剂决定的。原籍菌专性厌氧，如乳双歧杆菌、类杆菌、乳杆菌等。

02 固有菌群形成菌膜屏障

   原籍菌群定殖后一边快速繁殖，壮大人马，巩固种群地位，还要一边抵抗其它微生物的竞争，以及耐受宿主的免疫屏障作用。肠道中的原籍菌群对防御病原菌对宿主的感染起着重要作用。正常的肠道生理菌群能够粘附在肠粘膜上，形成一层菌膜屏障，该肠道菌膜屏障能够形成空间位阻，使有害菌无法与肠粘膜接触，形成了除皮肤黏膜、吞噬细胞、血清屏障之外的第四道屏障-原籍菌群拮抗外籍菌屏障。

03 肠道菌群的免疫调节作用

   肠道菌群与动物的免疫能力密切相关，不仅表现在全身性的免疫调节作用，还表现为局部性的免疫调节作用。在人和猪上的研究表明，双歧杆菌能够促进B淋巴细胞的转化，对T淋巴细胞也具有作用。如果肠道中的双歧杆菌大量减少，大肠埃希氏处于优势时，免疫调节能力减弱。

    促进局部免疫调节作用：动物体内都存在黏膜免疫系统，它在抵抗感染方面发挥着重要作用，黏膜表面与外界抗原直接接触，是机体抗感染的第一道防线。双歧杆菌可促进IgA的分泌增加，肠道正常菌群减少后，IgA阳性细胞数下降，合成及分泌IgA减少，肠壁清菌能力减弱，肠黏膜免疫功能减退。

04 肠道菌群平衡营养调控

   肠道菌群按一定的比例组合，各菌之间互相制约、互相依存，在质和量上形成一种生态平衡，一旦机体内外环境发生变化，就会引起菌群失调。断奶是动物肠道菌群必须经历的一次重大调整，从吃奶转变为吃饲料，引起一些列生理反应和菌群变化，固有菌定殖能力会下降，临床表现为腹泻、生长缓慢。另外长期使用抗生素会抑制肠敏感菌，未被抑制的细菌乘机繁殖，从而引起失调。通过营养调控可缓解肠道微生态失调，主要从以下方面，一、尽量减少饲料中的抗原物质（选择易消化蛋白或预消化方式）；二、功能性添加剂如寡糖、益生菌、酸化剂等能够促进有益菌的生长；三、添加其它非肠道固有菌的有益微生物，抑制有害菌增殖。